De hersenstam is het oudste gedeelte van onze hersenen, behoort ontogenetisch tot het endoderm (gele groep) en stuurt de organen en orgaandelen van het binnenste kiemblad.

Dit omvat het gehele maag-darm-kanaal, met uitzondering van die delen, die van buitenaf met plaveiselepitheel uit de rode groep (ectoderm) zijn bekleed.

Ook de organen en orgaandelen, die destijds uit de darmcellen zijn opgebouwd, worden nog vanuit de hersenstam gestuurd. Dit zijn bijvoorbeeld delen van de ogen, de oren, de traanklieren, de schildklier, de longen, baarmoederlichaam, prostaat en eileiders.

In de hersenstam speelt de links- of rechtshandigheid geen rol. De organen zijn tot de hersenen niet gekruist. Gekruist wil zeggen, rechter hersenhelft stuurt linker lichaamshelft en omgekeerd.
In een vroegtijdig stadium van het embryo is nog de archaïsche vorm van het ringdiertje herkenbaar. Later in de ontwikkeling breekt de ring open en vormt zich de anus. Deze ontwikkeling is er verantwoordelijk voor dat het darmweefsel van de linker helft van het hoofd een uitgaande brok-conflictinhoud heeft.
Het begin en einde van het maag-darm-kanaal bevindt zich onder in het middel (muil) en verloopt tegen de klok in.
Voor het spijsverteringskanaal geldt als algemene conflictinhoud een voedingsbrok niet te krijgen of er niet vanaf te kunnen komen.